AnnotationHub构建OrgDb
要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与GO等注释的对应关系的 R 软件包
如果自己研究的物种不在 http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb 之列，很大可能就需要自己构建OrgDb，然后用clusterProfiler分析
利用AnnotationHub得到org.db
其中一种情况是在（AnnotationHub）中存在对应的注释包
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require(AnnotationHub)
hub <- AnnotationHub()#下载失败多试几次
query(hub,"zea mays")
AnnotationHub with 8 records
# snapshotDate(): 2023-04-24
# $dataprovider: NCBI,DBCLS, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/, WikiPathways
# $species: Zea mays, Zea mays_var._japonica
# $rdataclass: SQLiteFile, OrgDb, Tibble
# additional mcols(): taxonomyid, genome, description, coordinate_1_based, maintainer, rdatadateadded, preparerclass, tags,
# rdatapath, sourceurl, sourcetype
# retrieve records with, e.g., 'object[["AH91642"]]'
title
AH91642 | MeSHDb for Zea mays (Corn, v001)
AH91817 | wikipathways_Zea_mays_metabolites.rda
AH97909 | MeSHDb for Zea mays (Corn, v002)
AH100374 | MeSHDb for Zea mays (Corn, v003)
AH107139 | MeSHDb for Zea mays (Corn, v004)
AH111528 | MeSHDb for Zea mays (Corn, v005)
AH111691 | org.Zea_mays.eg.sqlite
AH111692 | org.Zea_mays_var._japonica.eg.sqlite
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阅读命令输出信息，可以看到
- 数据库来源不同，选择需要的（org）以及确定物种（zea_mays）
retrieve records with, e.g., 'object[["AH111691"]]' 检索下载db用指定格式